Działalność Fly.pl S.A. polega na zarządzaniu podmiotem w 100 proc. zależnym – Fly.pl Sp. z o.o. Firma rozpoczęła działalność w połowie 2007 roku. Spółka ta zajmuje się sprzedażą agencyjną w imieniu i na rzecz organizatorów turystyki. Fly.pl na podstawie podpisanych wcześniej umów agencyjnych, umów współpracy i innych umów handlowych sprzedaje produkty, tych organizatorów pobierając przy tym prowizję od każdej udanej transakcji. Sprzedaż prowadzona jest za pośrednictwem strony internetowej www.fly.pl.